Первые исторические упоминания о Ладакхе и его обитателях встречаются в рукописях древнегреческих и китайских путешественников и историков - Геродота, Плиния, Птолемея, Сюаньцзаня и других. Древнее население Лудакха имела индо-арийские корни и практиковала шаманскую религию Бон. Постепенно с территории Кашмира и из Тибета в Ладакх стал проникать буддизм. В 9 веке в Ладакхе воцарилась династия правителей из Тибета и регион стал наполняться тибетцами.
В 13-16 веках Ладакх, все еще находясь под сильным влиянием Тибета, переживал нашествия мусульманских войск со стороны кашмирских княжеств. В 16 веке основатели правящей династии Намгьял, существующей по сей день, сплотили Ладакх, объединив разрозненные буддистские княжества. Несмотря на все усилия, с 17 по 19 века Ладакх находится под властью мусульманской Империи Моголов, периодически подвергаясь нашествиям тибетских завоевателей.
Благодаря своей удаленности, Ладакх пострадал от исламизации совсем незначительно. В регионе сохранилась сильная буддистская культура и традиции. Да и правители Ладакха лишь формально подчинялись мусульманскому императору.
В 1842 году Ладакх влился в княжество Джамму и Кашмир. В это время в Ладакх стали просачиваться первые западные путешественники, миссионеры, исследователи и туристы.
После обретения Индией независимости в 1947 году, Джамму и Кашмир стал яблоком раздора между Индией и Пакистаном. Сначала Пакистанская армия захватила практически всю территорию Ладакха, но потом была отброшена до границ нынешней спорной территории на севере региона.
В 1949 году Китай перекрыл торговые пути, проходящие через его территорию в Ладакх. В 1962 г. разгорелся индо-китайский конфликт, в результате которого Ладакх лишился большого куска своей территории на востоке (Аксаи Чин). В 1965 году Пакистан уступил Китаю часть Каракорумского тракта, который пролегает по спорной территории. С тех пор было еще немало приграничных осложнений, и после 1974 года, когда Ладакх был открыт для иностранных туристов, все еще остаются территории, куда туристов не пускают или куда нужен специальных пограничный пропуск (пермит). Самой "горячей" точкой противостояния Индии и Пакистана на территории Ладакха является ледник Сиачен на самом северо-востоке региона. Массивное военное присуствие ощущается по всему штату.
В настоящее время народ Ладакха потихоньку осваивает роль одной из летних туристических зон Индии, выращивает абрикосы и борется за отделения от мусульманской части штата Джамму и Кашмир.